La chiesa sorse intorno al 1070 sul luogo di un antico oratorio, per opera dei maestri Binello e Rodolfo, i cui nomi compaiono su un’iscrizione all’ingresso. La facciata, invece, fu realizzata solo nel XIII secolo, mentre il campanile venne aggiunto in epoca gotica.

Ben presto elevata a collegiata, perse tale ruolo dopo le distruzioni inflitte da Federico II nel 1248, pur conservando la figura di un priore. L’istituzione fu ristabilita nel 1618 da papa Paolo V e ulteriormente valorizzata da papa Benedetto XIV nel 1741, quando concesse ai priori di Bevagna i privilegi degli arcivescovi di Spoleto. In quell’occasione l’edificio subì un profondo rinnovamento barocco: i capitelli furono ricoperti di stucchi, la navata assunse volte settecentesche e la facciata perse il rosone originario.

Con l’età napoleonica la collegiata venne definitivamente soppressa, restando semplice parrocchia. Tra il 1951 e il 1957 si avviò un grande restauro che mirava a restituire alla chiesa un aspetto medievale, rimuovendo gran parte delle aggiunte barocche. Solo la cappella della navata destra fu conservata in quello stile.

La facciata duecentesca, in blocchi di travertino, presenta un portale decorato con materiali romani riutilizzati e un arco esterno arricchito da mosaici cosmateschi. Il campanile a cuspide è di gusto gotico. L’interno, a pianta basilicale, è scandito da tre navate separate da colonne in parte abrase, con il coro absidato sopraelevato sulla cripta. Nella navata destra si apre la cappella Spetia, o della Madonna del Carmine, ornata da affreschi di Andrea Camassei (circa 1625).