La Chiesa museo di San Francesco è stata costruita dai Frati Minori tra il 1335 e il 1338, ed è il primo insediamento francescano all’interno delle mura del borgo. Passato in proprietà al Comune nel 1863, dal 1895 divenne sede della pinacoteca e del museo civico. La facciata, di semplice impianto architettonico, si caratterizza per la pietra bianca sovrapposta nell’800. Appena l’ingresso, sulla sinistra, si trova un’edicola decorata a finta architettura dove sono raffigurate l’Annunciazione, l’Eterno benedicente in gloria tra Angeli; al di sotto si osserva la Natività, incorniciata dalla struttura aperta della capanna, con sfondo un chiaro paesaggio umbro. L’opera è stata realizzata nel 1503 da Pietro Vannucci detto “Il Perugino” durante la sua fase matura.