La chiesa di San Francesco di Trevi è stata costruita al di sopra di un edificio sacro più antico, dedicato alla Madonna e  risalente al 1268. Nella prima metà del XIV secolo la chiesa è stata ampliata, mentre ha subito un restauro nel corso del XVI secolo; nel 1777 il pavimento venne ricostruito in cotto.

L’architettura dell’edificio è sobria e semplice come vuole lo stile degli ordini mendicanti. In esso è presente un’unica navata con copertura in capriate di legno; un abside centrale pentagonale con ai fianchi due cappelle a pianta rettangolare.

Questa chiesa dedicata a San francesco ripete esattamente lo schema della Chiesa di San Francesco di Montefalco risalente agli anni quaranta del XIV secolo.

Sulle pareti dell’abside ci sono affreschi della prima metà del XIV secolo che raffigurano le storie della Vita della Madonna. Al centro spicca una croce da iconostasi del primo Trecento. Mentre le pareti conservano le tracce di affreschi e altari, probabilmente inseriti nella struttura dopo la riforma cattolica.

Degno di nota è l’organo monumentale, considerato un raro esemplare di quel tipo di organo che in epoca rinascimentale veniva chiamato organo da muro. Costruito dal mastro Paolo Pietro di Paolo di Montefalco nel 1509, fu suonato per la prima volta nelle celebrazioni delle festività natalizie dello stesso anno.

Lo strumento è stato restaurato dalla Ditta Pinchi di Foligno, negli anni Novanta dello scorso secolo, con l’intento di valorizzarlo utilizzando materiali originali cinquecenteschi, resitutendo così allo strumento la sua originaria concezione della quale è stato recuperato l’antico nucleo di canne del 1509. L’inaugurazione è stata festeggiata nel 2005, e ad oggi, questo organo è annoverato tra i più antichi organi risalenti al Cinquecento rimasti in Europa; ora viene suonato in occasione di concerti di altissimo livello.